Chùa Thiên Mụ gắn liền sứ mệnh tư tưởng đặc biệt từ thời Nguyễn, giúp Phật giáo đi cùng quốc gia dân tộc, làm nên diện mạo đặc trưng của xứ Đàng Trong. Nhờ sức sống độc đáo suốt chiều dài lịch sử như vậy đã tạo nên hấp lực đặc trưng duy nhất của một ngôi danh lam cổ tự bậc nhất chốn Kinh sư.

Trên đồi Hà Khê có ngôi cổ tự, trong tổng thể nhiều điểm thiêng trên sông Hương. Theo phong thủy thì hai khúc quanh Hòn Chén - Vọng Cảnh và Thiên Mụ - Long Thọ Cương làm nên Thiên Địa trục - nối kết Trời - Đất: phía dưới là chốn dương gian, bên trên là xứ thiêng, “một cõi đi về” nên vùng dinh phủ Kim Long - Phú Xuân - Kinh thành Huế và khu dân cư nằm phía dưới, chủ đạo ở phía trên là chùa chiền, đền miếu, lăng tẩm và mộ địa.

Chùa Thiên Mụ từ thế kỷ XVI nổi bật tính thiêng: “Nóc ở đỉnh núi, chân gối dòng sông, tưởng như gang tấc bên trời, vượt hẳn ba ngàn thế giới. Những du khách đăng lâm thưởng lãm, bất giác lòng lành phát động, niềm tục sạch không, đáng là một cảnh trí non Bồng nước Nhược vậy”. Thượng nguồn có đền thờ nữ thần Y Na ở xã Khuất Phố “cũng có linh ứng. Hàng năm đầu xuân đảo vũ, mở hội đua thuyền, quan bản hạt thân hành chủ tế thì được mưa ngay” và phía hạ lưu, danh lam Sùng Hóa là trung tâm tôn giáo đương thời, với cung tiên rực rỡ, tượng Phật tôn nghiêm, “Hằng năm, đến tuần tiết tập nghi thì Tam ty với quan chức các nha môn, vệ sở đều đến hội họp đông đủ..., vả lại mỗi lần cầu đảo đều có ứng nghiệm, là ngôi chùa có tiếng ở Hóa châu” (Ô châu cận lục, Văn hóa Á châu, 1961, tr. 69, 70, 76).

Sự linh hiển đã làm dịch chuyển vai trò trung tâm tôn giáo trên dòng sông thiêng. Từ năm 1601, sử sách cho biết Sùng Hóa, Thiên Mụ đều là phế tích mà không rõ nguyên nhân. Phải đến chuyến vân du Thuận - Quảng năm 1601, chúa Nguyễn Hoàng mới khẳng định tầm nhìn chiến lược khi tái thiết chùa Thiên Mụ, chùa Sùng Hóa, cử hoàng tử thứ sáu trấn thủ Quảng Nam bởi Hải Vân “là đất yết hầu của miền Thuận Quảng”. Yếu tố bản địa tạo nên sức sống đặc biệt thông qua huyền thoại đặc sắc: “Bấy giờ chúa dạo xem hình thế núi sông, thấy trên đồng bằng xã Hà Khê, giữa đồng bằng nổi lên một gò cao, như hình đầu rồng quay lại, phía trước nhìn ra sông lớn, phía sau có hồ rộng, cảnh trí rất đẹp. Nhân thế hỏi chuyện người địa phương, họ đều nói rằng gò này rất thiêng, tục truyền rằng: Xưa có người đêm thấy bà già áo đỏ quần xanh ngồi trên đỉnh gò nói rằng: "Sẽ có vị chân chúa đến xây chùa ở đây, để tụ khí thiêng, cho bền long mạch". Nói xong bà già biến mất. Bấy giờ nhân đấy mới gọi là núi Thiên Mụ. Chúa cho nơi ấy có linh khí, mới dựng chùa, gọi là chùa Thiên Mụ (Thực lục, tập 1, Nxb. Giáo dục, 2002, tr. 35-37). Gò đất cao này là một đầu rồng thiêng, có chức năng “tụ khí thiêng, cho bền long mạch”, chùa Thiên Mụ hội tụ nhiều yếu tố tổng hợp của tín ngưỡng dân gian bản địa - nữ thần, Đạo giáo, Nho giáo và Phật giáo, nên đã trở thành tâm điểm dung hợp, chuyển hóa quan trọng trong đời sống tư tưởng xứ Đàng Trong, nhất là nhu cầu an dân trên vùng đất mới, từ vai trò gắn kết của Phật giáo.

Từ dân gian đến chốn cung nội, nhiều người theo Phật, “tôn sùng đạo Nho mà kính trọng đạo Phật, đương nhiên con đường chính trị ắt phải lấy lòng nhân nghĩa mà cưu mang sự nghiệp…, nhờ vậy đất nước thái bình, thân tâm an lạc" (Ngự chế Thiên Mụ tự), "Nhìn lại quá trình của nước ta từ khi khai quốc dựng nước đến nay, trên từ vua chúa, quan quân, cho đến thứ dân, đâu đâu cũng lập chùa dựng am, cung đón và đào tạo tăng tài, cúng dường Phật tổ" (Văn bia tổ sư Nguyên Thiều, chùa Quốc Ân). Đợt trùng tu năm 1714 thời chúa Nguyễn Phúc Chu đã hoàn thiện qui mô ngôi chùa, từ Tam quan đến điện Thiên vương, điện Ngọc hoàng, điện Đại hùng, nhà Thuyết pháp, lầu Tàng kinh, lầu chuông trống hai bên, điện Thập vương... Chúa ngự chế văn bia (Thực lục tiền biên, tr. 130).

Pièrre Poivre đến Đàng Trong (29/8/1749 - 11/2/ 1750), khi tham quan Thiên Mụ (ngày 13/10/1749) đã cho biết chúa Nguyễn xây dựng nên để thờ các bậc tiên đế. Bên sông Hương, ngôi chùa được xây dựng qui mô, qua khỏi sân rộng là tòa tiền đường nhà rường bằng gỗ, chạm trỗ công phu, để tôn trí các vị hộ pháp. Ngôi nhà thứ hai kế đó cao hơn, trang trí lộng lẫy hơn, trên bàn thờ có thiết trí thần vị nhà vua vừa băng hà (Túc Tông Hiếu Ninh Hoàng đế), phía sau có bảy khám thờ thần vị các bậc tiên đế họ Nguyễn. Riêng tầng khám cuối cùng được trang trí chạm trỗ, sơn son thếp vàng theo dạng thức mô tả điển tích dựng nghiệp của bậc tiên đế sáng lập triều đại (Triệu tổ tĩnh Hoàng đế) (Henri Cordier, 1887, "Voyage de Pierre Poivre en Cochinchine”, Revue de l'Extrême-Orient, tập 3, số 1, tr.17).

Thiên Mụ mãi luôn là một danh lam, trên đồi Hà Khê bên bờ Linh Giang tích tụ linh khí, trở thành địa chỉ du lịch hành hương nổi tiếng xứ Huế. Nơi đây tích hợp nhiều yếu tố tín ngưỡng dân gian - thờ nữ thần, Đạo giáo, Nho giáo và Phật giáo, đặc biệt là chức năng từ đường của họ Nguyễn. Đến nay, Nguyễn Phước tộc hay các hệ Tôn Thất vẫn thường tổ chức nghi lễ trai đàn chẩn tế, cầu siêu, quốc thái dân an tại ngôi cổ tự danh lam này.