Là một nhà cách mạng trung kiên, với gần 70 năm hoạt động, giáo sư đã giữ nhiều trọng trách quan trọng của đất nước.

Do nhiều công lao to lớn đối với nền khoa học nước nhà và sự nghiệp cách mạng của dân tộc, giáo sư được Đảng và Nhà nước tặng thưởng: Huân chương Hồ Chí Minh, truy tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh về cụm công trình thuộc lĩnh vực sử học, trong đó nổi bật 2 cuốn: "Vài nhận xét về thời kỳ cuối nhà Lê đến nhà Nguyễn Gia Long" (1954) và "Vấn đề dân tộc trong cách mạng vô sản" (1960) và nhiều huân chương cao quý khác.

Năm 1975, giáo sư được Chính phủ CHDC Đức phong tặng danh hiệu Viện sĩ nước ngoài của Viện Hàn lâm khoa học CHDC Đức. Năm 1976, giáo sư lại vinh dự được bầu chọn là Viện sĩ Viện Hàn lâm khoa học Liên Xô.

Giáo sư Nguyễn Khánh Toàn sinh ngày 1-8-1905, tại Vinh (Nghệ An), nguyên quán xã Thanh Lương, huyện Hương Trà, tỉnh Thừa Thiên Huế.

Năm 1924, khi còn là sinh viên văn khoa trường Cao đẳng Sư phạm Đông Dương ở Hà Nội, giáo sư đã tham gia phong trào học sinh, sinh viên đòi trả tự do cho Phan Bội Châu và viết báo đả kích chế độ thực dân.

Năm 1926, giáo sư vào Sài Gòn làm báo LAnnam do Phan Văn Trưởng chủ trương. Sau đó, cùng với trí thức yêu nước Sài Gòn, giáo sư sáng lập tờ báo tiếng Pháp Le Nha que. Trên cơ quan ngôn luận của mình, giáo sư cho đăng Bản Tuyên ngôn Đảng Cộng sản của Mác và Ăngghen và Bản yêu sách của nhân dân Việt Nam do Nguyễn Ái Quốc gửi Hội nghị Versailles tháng 6-1919. Giáo sư đã bị thực dân Pháp bắt giam.

Năm 1928, sau khi ra tù, giáo sư Nguyễn Khánh Toàn sang Pháp học và hoạt động trong phong trào Việt kiều yêu nước.

Năm 1929, giáo sư được Đảng Cộng sản Pháp giới thiệu sang học tập tại Trường Đảng Liên Xô. Năm 1930, giáo sư được Đông phương bộ Quốc tế Cộng sản giới thiệu sang làm nghiên cứu sinh sử học tại Đại học Đông Phương. Giáo sư còn tham gia công tác của Quốc tế Cộng sản và Công hội đỏ. Năm 1931, giáo sư gia nhập Đảng Cộng sản Đông Dương.

Một trong những sự kiện lớn lao trong cuộc đời của giáo sư là được vinh dự gặp Nguyễn Ái Quốc và sống gần gũi với Người nhiều năm trong thời kỳ ở Trường Đại học Đông Phương.

Năm 1939, giáo sư hoạt động với nhóm Cộng sản Việt Nam ở Diên An, Trung Quốc.

Cuối năm 1945, giáo sư về nước, được Đảng và Nhà nước giao cho nhiệm vụ giảng dạy triết học và chủ nghĩa Mác-Lênin tại các lớp huấn luyện của Đảng. Tháng 8-1946, giáo sư được chỉ định làm Cán sự Trung ương Đảng. Từ đó, giáo sư bắt đầu các khoá giảng lý luận chính trị mà học viên là cán bộ cốt cán các tỉnh miền Bắc. Giáo sư được học viên hết sức khâm phục về sự uyên bác của một trí thức lỗi lạc của Đảng.

Tháng 11-1946, giáo sư Nguyễn Khánh Toàn được bổ nhiệm làm Thứ trưởng Bộ Giáo dục. Cùng với Bộ trưởng Nguyễn Văn Huyên, giáo sư đã có những cống hiến to lớn cho ngành giáo dục trong thời kỳ xây dựng nền giáo dục nhân dân dưới sự lãnh đạo của Đảng. Những tác phẩm của giáo sư về giáo dục được viết ra với nhiệt huyết của một trí thức cách mạng, một nhà giáo yêu nghề, gắn bó với nghề và thế hệ trẻ.

Năm 1960, giáo sư được cử làm Phó Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học Nhà nước (bao gồm cả khoa học tự nhiên và khoa học xã hội).

Năm 1962, giáo sư là Phó trưởng ban Khoa giáo Trung ương, Ủy viên Hội đồng cải cách giáo dục.

Năm 1965, giáo sư thôi giữ chức Thứ trưởng Bộ Giáo dục, về làm Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học xã hội Việt Nam. Trong suốt 17 năm, bằng uy tín của mình, giáo sư Nguyễn Khánh Toàn đã tập hợp được nhiều nhà khoa học hàng đầu của cả nước như: Trần Huy Liệu, Đào Duy Anh, Đặng Thai Mai, Trần Văn Giàu, Vũ Ngọc Phan, Nguyễn Đổng Chi, Phạm Huy Thông, Trần Đức Thảo, Cao Xuân Huy, Văn Tân, Vũ Khiêu… cùng nhau hợp sức xây dựng một nền khoa học xã hội Việt Nam lớn mạnh cả về chất lẫn lượng.

Ngay sau khi Chủ tịch Hồ Chí Minh qua đời (1969), giáo sư đã sớm nhận thấy vị trí đặc biệt của tư tưởng Hồ Chí Minh, nên trong Dự thảo Phương hướng nghiên cứu khoa học gửi Ban Chấp hành Trung ương Đảng, giáo sư đã đề nghị xúc tiến việc nghiên cứu tư tưởng Hồ Chí Minh và xem nó như là cơ sở cho sự phát triển lý luận Mác-Lênin và sự sáng tạo trong đường lối cách mạng Việt Nam.

Là người đứng đầu ngành xã hội và nhân văn, giáo sư Nguyễn Khánh Toàn đã trở thành Trưởng ban chỉ đạo biên soạn Lịch sử Việt Nam, Lịch sử văn học Việt Nam; Chủ tịch Hội đồng quốc gia chỉ đạo, biên soạn và xét duyệt Từ điển tiếng Việt phổ thông; ủy viên Ủy ban Giải thưởng Nhà nước, Giải thưởng Hồ Chí Minh; ủy viên Hội đồng Trung ương xét duyệt chức danh khoa học; Viện trưởng Viện Sử học; Chủ tịch danh dự Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam; Chủ tịch Hội Văn nghệ dân gian Việt Nam…

Giáo sư Nguyễn Khánh Toàn hiểu biết sâu nhiều lĩnh vực khoa học, riêng với văn học, giáo sư cũng tỏ ra rất am tường. Những kiến thức ngành đã tạo cơ sở để giáo sư có thể khám phá sâu vào từng ngành khoa học cụ thể với cách nhìn thật bao quát và tổng hợp.

Năm tháng qua, giáo sư cũng yếu dần. Giáo sư viện sĩ Nguyễn Khánh Toàn mất ngày 9-12-1993, thọ 88 tuổi. Cho đến những ngày cuối cùng của cuộc đời, giáo sư vẫn tỉnh táo và minh mẫn.

Trong điếu văn tại lễ tang giáo sư viện sĩ Nguyễn Khánh Toàn, giáo sư Nguyễn Đức Bình, nguyên ủy viên Bộ Chính trị, giám đốc Học viện chính trị quốc gia Hồ Chí Minh, Chủ tịch Hội đồng Lý luận Trung ương, đã nói: "Đồng chí ra đi để lại cho chúng tôi niềm tiếc thương sâu sắc, để lại cho đất nước những đóng góp xứng đáng, để lại cho khoa học nhiều tác phẩm có giá trị. Đối với mọi người, đồng chí để lại một tấm gương sáng về đấu tranh cách mạng và hoạt động khoa học, tên tuổi đồng chí sẽ sống mãi với thời gian, sử sách và trong lòng chúng tôi. Sống trọn lẽ sống, xứng đáng của một cuộc đời, đồng chí có thể thanh thản trong giấc mơ ngàn thu"./.